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https://nccur.lib.nccu.edu.tw/handle/140.119/33925
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| Title: | 蛋白質質譜儀資料之峰偵測探討
On Peak Detection of Proteomic Mass Spectrum Data |
| Authors: | 楊智凱
Yang,Zhi Kai |
| Contributors: | 郭訓志
楊智凱
Yang,Zhi Kai |
| Keywords: | 介質輔助雷射脫附離子化/飛行時間質譜
事前處理
峰偵測
連續型小波轉換
訊號雜訊比 |
| Date: | 2007 |
| Issue Date: | 2009-09-17 18:49:25 (UTC+8) |
| Abstract: | 介質輔助雷射脫附離子化/飛行時間質譜 (Matrix-assisted Laser Desorption Ionization/ Time-of-Flight –Mass Spectrum, MALDI-TOF-MS)，是種屬於高維度的蛋白質質譜儀資料，主要是用來偵測蛋白質分子的表現，而這項技術的原理，是先將蛋白質與介質混合，再利用雷射將蛋白質分子打碎，分散出帶電荷的離子，接著運用離子飛行時間的偵測，最後掃描出質譜圖形，圖形上有兩個重要變數，分別為:質量電荷比(Mass to Charge Ratio, m/z)以及強度(Intensity)，我們希望利用這些質譜資料，研究出臨床上癌症病人以及正常人的質譜資料差異，藉由找出質譜資料的生物標記，來作為判斷是否為癌症患者的依據。但是由於MALDI的技術上的限制，導致掃描出來的質譜資料往往存在著雜訊以及誤差，這時候，事前處理(Preprocessing)步驟，就顯的格外重要。生物學家認為，蛋白質質譜資料，其表現異常的蛋白質，會顯現在質譜圖的峰上面，因此在維度如此龐大的質譜資料中，如果將分析重點著重在這些峰上面，可以簡化我們事後的分析，因此在分析質譜資料的流程中，事前處理步驟的峰偵測，便成為了一個很重要的環節。Du, Kibbe以及Lin在2006年的文獻中提到，使用連續型小波轉換(Continuous Wavelet Transform, CWT)的方法來進行峰偵測，可以改善我們使用傳統峰偵測方法所產生的誤差，因此本文將CWT峰偵測方法，與傳統峰偵測方法，對已知峰正確位置的MALDI質譜資料進行分析，結果發現在不同訊號雜訊比(Signal to Noise Ratio, SNR)下，CWT峰偵測方法的敏感度(Sensitivity)都比傳統峰偵測方法來的高，且誤判率(False Discovery Rate, FDR)也都較傳統峰偵測方法低，因此就本文所使用的模擬資料，CWT峰偵測確實是一個較佳的峰偵測方法。 |
| Reference: | J. Morris, K. Coombes, J. Koomen, K. Baggerly, and R. Kobayashi. (2005a) Understanding the characteristics of mass spectrometry data through the use of simulation. Cancer Informatics , 1(1) 41-52.
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| Description: | 碩士
國立政治大學
統計研究所
94354024
96 |
| Source URI: | http://thesis.lib.nccu.edu.tw/record/#G0943540241 |
| Data Type: | thesis |
| Appears in Collections: | [統計學系] 學位論文
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